Este sistema utiliza un proceso anaeróbico para descomponer la materia orgánica presente en las aguas residuales. Al no requerir oxígeno, es especialmente eficaz para el tratamiento de aguas con alta carga orgánica. La función del filtro anaerobio de flujo ascendente (FAFA) es efectuar un filtrado biológico eliminando la mayor parte de la materia orgánica residual. La fase liquida proveniente del tanque séptico se direcm3iona al fondo del FAFA ascendiendo lentamente a través del material filtrante que permite que las bacterias se adhieran a éste.